中关村炎黄中医药科技创新联盟（以下简称“联盟”）秘书处，是联盟理事会领导下的常设办事机构，授权联盟理事会秘书长主持开展日常工作。目前常设机构有综合办公室（含财务部）、分支机构管理办公室（含会员部）、学术培训管理办公室、标准化办公室，依据如下职责保障中医科盟章程的执行和事业的推动。
综合办公室
1、统筹联盟日常行政运营、内部协同及整体运转工作，牵头联盟各项规章制度编制推动，联盟各类工作会议组织筹备、记录、纪要撰写，督办联盟各项决议、重点工作及领导交办事项。
2、负责公文流转、文稿撰写、文件报送、档案归档、印章证照管理，统筹信息汇总、工作汇报及对外联络对接工作。
3、负责联盟媒体宣传统筹、信息发布。
4、负责联盟财务制度的建立和工作运转，督导财务部门依据财务流程开展工作。
5、统筹人事考勤、物资管控、后勤保障等基础保障工作。
分支机构管理办公室
1、牵头制定分支机构专项管理实施细则，常态化开展分支机构日常合规督导与全方位风险排查，覆盖运营管理、活动开展、人员履职、财务收支等重点领域，建立风险管控台账。统筹组织分支机构年度综合考核评估工作，细化考核标准、组织考核实施。
2、 负责分支机构设立、换届、信息变更、注销等事项的全流程管理。严格对照管理制度及工作流程，对各类事项申报材料的真实性、完整性、合规性进行严格审核，全程跟进报批报备、备案登记等各项手续办理工作，确保分支机构设立、更迭、注销等各项工作流程规范、资料完备、合法合规。
3、制定分支机构负责人任职管理办法，严格把控任职准入资质，负责各分支机构负责人、委员人选的推荐、指导和审核工作，组织开展分支机构主要负责人年度工作述职、德能勤绩廉评价考核，建立完善履职考核档案，常态化推进分支机构管理队伍规范化、专业化建设。
4、 严格遵照会员管理办法要求，全面负责个人会员、团体会员和单位会员的吸纳管理工作。严格执行会员入会资格审核制度，细致核查入会申报材料，规范入会审批流程。建立会员分级建档管理机制。统筹开展会费收缴、核对、登记、台账管理等工作，规范会费管理流程。
学术培训管理办公室
1、统筹推进年度学术活动管理工作，组织联盟及各分支机构围绕中医药科技创新发展制定年度活动计划，对活动方案进行全方位指导、合规审核与规范把关。
2、负责联盟相关学术活动公文起草、审核。管理各分支机构学术会议、培训活动申报材料的审核修订、印发等工作。对各类线下、线上活动开展全过程督查督导，及时整改活动开展中的不规范行为。统一做好各类活动资料的收集整理、归档留存与备案管理。
3、管理中医科盟科研项目工作，组建联盟专家委员会进行评审、立项、发布。
4、结合联盟学术发展组织品牌学术交流大会、系列培训活动。
标准化办公室
1、依据中医科盟标准化章程及中医科盟标准化专家委员会相关意见制定团体标准工作计划。
2、组织指导中医药团体标准规范的申报、制修订、发布等工作。
3、审核报送中医科盟网站团体标准查询的相关上传信息。
4、负责团体标准文档的整理保存。